基于NS5B区核酸序列同源性的HCV基因分型方法

  建立一种确定HCV基因型的分析方法,使之既能满足临床诊断的需要,又适应于HCV分子流行病学的调查。以聚合酶链式反应(PCR)技术扩增HCV NS5B区部分片段(375bp),并对扩增产物进行TA克隆测序,采用DNAStar等软件对所得序列进行进化树分析,并与已有的5’NCR区分型结果进行比较。我们对15个来自HCV感染者的血浆样品进行检测,均可确定其基因型和亚型,其中有lb亚型(n=3,i.e.20%),3a亚型(n=7,i.e.46.67%),3b亚型(n=4,i.e.26.67%),6d亚型(n=1,i.e.6.67%)。该结果与5’NCR区分型结果基本一致,不论是基于5’NcR区还是基于Ns5B区的测序分型都是简便、可靠的方法,但是对分子流行病学而言,基因亚型的分析有助于确定HCV的传播途径,因此基于NS5B区的测序分型在分子流行病学的研究中更具优势。

作者单位: 昆明理工大学 生物与化学工程学院,云南 昆明 650224 云南省第一人民医院检验科,云南 昆明 650032 云南省热带亚热带动物病毒病重点实验室,云南 昆明 650224
母体文献: 2005年昆明理工大学研究生学术交流年会论文集
会议名称: 2005年昆明理工大学研究生学术交流年会
会议时间: 2005年10月1日
会议地点: 昆明
主办单位: 昆明理工大学
语 种: chi
在线出版日期: 2012年7月10日