酸性α-葡糖苷酶中反义诱导的外显子2纳入

本发明涉及酸性α‑葡糖苷酶中反义诱导的外显子2纳入,具体涉及反义寡核苷酸和相关的组合物以及用于诱导的外显子纳入作为治疗II型糖原贮积病(GSD‑II)(也称为庞帕病、II型糖原病、酸麦芽糖酶缺乏(AMD)、酸性α‑葡糖苷酶缺乏,和溶酶体α‑葡糖苷酶缺乏)的方法,并且更具体地涉及诱导外显子2的纳入并由此恢复由GAA基因编码的酶促活性酸性α‑葡糖苷酶(GAA)蛋白的水平。

专利类型: 发明专利
申请(专利)号: CN202010077716.7
申请日期: 2014年9月5日
公开(公告)日: 2020年6月5日
公开(公告)号: CN111235149A
主分类号: C12N15/113,C,C12,C12N,C12N15
分类号: C12N15/113,C07F9/6533,C07F9/6558,A61K31/7125,A61K31/675,A61P3/10,C,A,C12,C07,A61,C12N,C07F,A61K,A61P,C12N15,C07F9,A61K31,A61P3,C12N15/113,C07F9/6533,C07F9/6558,A61K31/7125,A61K31/675,A61P3/10
申请(专利权)人: 萨罗塔治疗公司(美国)
发明(设计)人: S·D·威尔顿,S·弗莱切,G·J·汉森,R·K·贝司维克
主申请人地址: 美国马萨诸塞州
专利代理机构: 上海专利商标事务所有限公司
代理人: 杨昀,陶家蓉
国别省市代码: 美国;US
主权项: 1.10-40个核苷酸或核苷酸类似物的反义寡聚体化合物,所述化合物包含: 非天然化学主链,其选自氨基磷酸酯或磷二酰胺吗啉代寡聚体(PMO)、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、硫代磷酸酯寡聚体、三环-DNA寡聚体、三环-硫代磷酸酯寡聚体、2’O-Me-硫代磷酸酯寡聚体,或前述的任意组合;和 与人酸性α-葡糖苷酶(GAA)基因的前体mRNA的内含子1(SEQ ID NO:1)、内含子2(SEQID NO:2)、或外显子2(SEQ ID NO:3)内的区互补的靶向序列。 2.如权利要求1所述的化合物,其特征在于,所述靶向序列选自SEQ ID NO:4-120,其中X选自尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)。 3.一种式(I)的化合物: 或其药学上可接受的盐,其中: 各Nu是核碱基,其一起形成靶向序列; x是8-38的整数; 各Y独立地选自O或–NRa,其中Ra选自氢、-T1-NRcRdRe和-[(C(O)CHR'NH)m]R”,其中: R'是天然产生的氨基酸或其一个或两个碳的同系物的侧链, R”选自氢或酰基, m是1-60的整数, Rc选自氢、C1-C6烷基、芳烷基和-C(=NH)NH2, Rd选自氢、芳烷基和C1-C6烷基,或者 当RC和Rd各自独立地是C1-C6烷基或芳烷基时,Rc和Rd与其附连的氮原子一起形成5-7元环,其中所述环任选地被选自C1-C6烷基、苯基、卤素和芳烷基的取代基取代,并且 Re选自电子对、氢、C1-C6烷基和芳烷基; 各L独立地选自–P(O)2OH–、–P(O)2R1–、–P(O)2(N(CH3)3-N(CH3)CH2C(O)NH2、哌嗪基、羰基、H(O(CH2)sO)w–、–(OCH2CH2O)w和-[(C(O)CHR'NH)m]R”,其中w是3-20的整数,并且S是1-8的整数; n是0-3的整数; 各R1独立地选自-N(CH3)2、-NR5R6、-OR7、 式(II)的部分: 其中: R8选自氢、甲基、-C(=NH)NH2、-Z-T2-NHC(=NH)NH2和-[(C(O)CHR'NH)m]R”,其中Z是羰基或直接键, R9选自电子对、氢、C1-C6烷基和芳烷基; 各R10独立地选自氢或甲基;和 式(III)的部分: 其中: q是0-2的整数, R11选自氢、C1-C6烷基、芳烷基和-C(=NH)NH2, R12选自氢、芳烷基和C1-C6烷基,或者 R11和R12与其附连的氮原子一起形成5-7元环,其中所述环任选地被选自C1-C6烷基、苯基、卤素和芳烷基的取代基取代,并且 R13选自电子对、氢、C1-C6烷基和芳烷基; R2选自氢、OH、核苷酸、-(CH2)mC(O)NRfRg,其中Rf和Rg独立地选自H、酰基、C1-C6烷基、和-[(C(O)CHR'NH)m]R”、-[(C(O)CHR'NH)m]R”、H(O(CH2)sO)w–、H(OCH2CH2O)w–、三苯甲基、-C(=O)ORf和酰基,其中Rf是C1-C30烷基,其包含一个或多个氧或羟基部分或其组合,或R2不存在; R3选自氢、C1-C6烷基、核苷酸、-[(C(O)CHR'NH)m]R”、-C(=NH)NH2、三苯甲基、-C(=O)ORg、酰基、-C(O)(CH2)mC(O)和T4-(4-(4,6-(NR2)-1,3,5-三嗪-2-基)哌嗪-1-基,其中 Rg是包含一个或多个氧或羟基部分或其组合的C1-C30烷基, T4选自–C(O)(CH2)6C(O)–或–C(O)(CH2)2S2(CH2)2C(O)–,并且 R是–(CH2)OC(O)NH(CH2)6NHC(NH)NH2; R4选自电子对、氢、C1-C6烷基和酰基,并且 各R5独立地选自氢或甲基; 各R6和各R7独立地选自氢或–T3-NRcRdRe;并且 各T1、T2、和T3独立地是长度至多为18个原子的任选接头,包括烷基、烷氧基或烷氨基,或其组合, 其中,所述靶向序列与人酸性α-葡糖苷酶(GAA)基因的前体mRNA的内含子1(SEQ IDNO:1)、内含子2(SEQ ID NO:2)或外显子2(SEQ ID NO:3)内的区互补。 4.如权利要求3所述的化合物,其特征在于,各Nu独立地选自腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶、胞嘧啶、次黄嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、5-甲基胞嘧啶、C5-丙炔基-修饰的嘧啶,和9-(氨基乙氧基)吩噁嗪。 5.如权利要求3所述的化合物,其特征在于,各R1是-N(CH3)2。 6.如权利要求5所述的化合物,其特征在于,所述靶向序列选自SEQ ID NO:4-120,其中X选自尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)。 7.如权利要求3所述的化合物,其特征在于,所述至少一个R1选自下组: 8.如权利要求3所述的化合物,其特征在于,50-90%的所述R1基团是-N(CH2)3。 9.如权利要求3所述的化合物,其特征在于,66%的所述R1基团是-N(CH2)3。 10.如权利要求3所述的化合物,其特征在于: n是2; R2和L一起是下式: 以及 每次出现的Y是O。 11.一种式(IV)的化合物: 或其药学上可接受的盐,其中: 各Nu是核碱基,其一起形成靶向序列; x是15-25的整数; 各Y是O; 各R1独立地选自下组: 其中,至少一个R1是–N(CH3)2,并且 其中,所述靶向序列选自SEQ ID NO:4-120,其中X选自尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)。 12.一种药物组合物,其包含10-40个核苷酸或核苷酸类似物的反义寡聚体化合物和药学上可接受的运载体,所述化合物包含: 非天然化学主链,其选自氨基磷酸酯或磷二酰胺吗啉代寡聚体(PMO)、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、硫代磷酸酯寡聚体、三环-DNA寡聚体、三环-硫代磷酸酯寡聚体、2’O-Me-硫代磷酸酯寡聚体,或前述的任意组合;和 与人酸性α-葡糖苷酶(GAA)基因的前体mRNA的内含子1(SEQ ID NO:1)、内含子2(SEQID NO:2)或外显子2(SEQ ID NO:3)内的区互补的靶向序列。 13.如权利要求12所述的药物组合物,其特征在于,所述靶向序列选自SEQ ID NO:4-120,其中X选自尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)。 14.一种药物组合物,其包含式(I)的化合物: 或其药学上可接受的盐,其中: 各Nu是核碱基,其一起形成靶向序列; x是8-38的整数; 各Y独立地选自O或–NRa,其中Ra选自氢、-T1-NRcRdRe和-[(C(O)CHR'NH)m]R”,其中: R'是天然产生的氨基酸或其一个或两个碳的同系物的侧链, R”选自氢或酰基, m是1-60的整数, Rc选自氢、C1-C6烷基、芳烷基和-C(=NH)NH2, Rd选自氢、芳烷基和C1-C6烷基,或者 当Rc和Rd各自独立地是C1-C6烷基或芳烷基时,Rc和Rd与其附连的氮原子一起形成5-7元环,其中所述环任选地被选自C1-C6烷基、苯基、卤素和芳烷基的取代基取代,并且 Re选自电子对、氢、C1-C6烷基和芳烷基; 各L独立地选自–P(O)2OH–、–P(O)2R1–、–P(O)2(N(CH3)3-N(CH3)CH2C(O)NH2、哌嗪基、羰基、H(O(CH2)sO)w–、–(OCH2CH2O)w和-[(C(O)CHR'NH)m]R”,其中w是3-20的整数,S是1-8的整数; n是0-3的整数; 各R1独立地选自-N(CH3)2、-NR5R6、-OR7, 式(II)的部分: 其中: R8选自氢、甲基、-C(=NH)NH2、-Z-T2-NHC(=NH)NH2和-[(C(O)CHR'NH)m]R”,其中Z是羰基或直接键,并且 R9选自电子对、氢、C1-C6烷基和芳烷基; 各R10独立地选自氢或甲基;和 式(III)的部分: 其中: q是0-2的整数; R11选自氢、C1-C6烷基、芳烷基和-C(=NH)NH2, R12选自氢、芳烷基和C1-C6烷基,或者 R11和R12与其附连的氮原子一起形成5-7元环,其中所述环任选地被选自C1-C6烷基、苯基、卤素和芳烷基的取代基取代;并且 R13选自电子对、氢、C1-C6烷基和芳烷基; R2选自氢、OH、核苷酸、-(CH2)mC(O)NRfRg,其中Rf和Rg独立地选自H、酰基、C1-C6烷基和-[(C(O)CHR'NH)m]R”、-[(C(O)CHR'NH)m]R”、H(O(CH2)sO)w–、H(OCH2CH2O)w–、三苯甲基、-C(=O)ORf和酰基,其中Rf是C1-C30烷基,其包含一个或多个氧或羟基部分或其组合,或R2不存在; R3选自氢、C1-C6烷基、核苷酸、-[(C(O)CHR'NH)m]R”、-C(=NH)NH2、三苯甲基、-C(=O)ORg、酰基、-C(O)(CH2)mC(O)和T4-(4-(4,6-(NR2)-1,3,5-三嗪-2-基)哌嗪-1-基,其中 Rg是包含一个或多个氧或羟基部分或其组合的C1-C30烷基; T4选自–C(O)(CH2)6C(O)–或–C(O)(CH2)2S2(CH2)2C(O)–;并且 R是–(CH2)OC(O)NH(CH2)6NHC(NH)NH2; R4选自电子对、氢、C1-C6烷基和酰基,并且 各R5独立地选自氢或甲基; 各R6和各R7独立地选自氢或–T3-NRcRdRe;并且 各T1、T2、和T3独立地是长度至多为18个原子的任选接头,包括烷基、烷氧基或烷氨基,或其组合; 其中,所述靶向序列与人酸性α-葡糖苷酶(GAA)基因的前体mRNA的内含子1(SEQ IDNO:1)、内含子2(SEQ ID NO:2),或外显子2(SEQ ID NO:3)内的区互补,和 药学上可接受的运载体。 15.如权利要求14所述的药物组合物,其特征在于,各R1是-N(CH3)2。 16.如权利要求15所述的药物组合物,其特征在于,所述靶向序列选自SEQ ID NO:4-120,其中X选自尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)。 17.如权利要求14所述的药物组合物,其特征在于: n是2; R2和L一起是下式: 以及 每次出现的Y是O。 18.一种治疗有此需要的对象中的II型糖原贮积病的方法,包括向所述对象给予有效量的10-40个核苷酸或核苷酸类似物的反义寡聚体化合物,所述化合物包含: 非天然化学主链,其选自氨基磷酸酯或磷二酰胺吗啉代寡聚体(PMO)、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、硫代磷酸酯寡聚体、三环-DNA寡聚体、三环-硫代磷酸酯寡聚体、2’O-Me-硫代磷酸酯寡聚体,或前述的任意组合;和 与人酸性α-葡糖苷酶(GAA)基因的前体mRNA的内含子1(SEQ ID NO:1)、内含子2(SEQID NO:2),或外显子2(SEQ ID NO:3)内的区互补的靶向序列。 19.如权利要求18所述的方法,其特征在于,所述靶向序列选自SEQ ID NO:4-120,其中X选自尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)。 20.一种治疗有此需要的对象中的II型糖原贮积病的方法,包括向所述对象给予有效量的式(I)的反义寡聚体化合物: 或其药学上可接受的盐,其中: 各Nu是核碱基,其一起形成靶向序列; x是8-38的整数; 各Y独立地选自O或–NRa,其中Ra选自氢、-T1-NRcRdRe和-[(C(O)CHR'NH)m]R”,其中: R'是天然产生的氨基酸或其一个或两个碳的同系物的侧链, R”选自氢或酰基, m是1-60的整数, Rc选自氢、C1-C6烷基、芳烷基和-C(=NH)NH2, Rd选自氢、芳烷基和C1-C6烷基,或者 当Rc和Rd各自独立地是C1-C6烷基或芳烷基时Rc和Rd与其附连的氮原子一起形成5-7元环,其中所述环任选地被选自C1-C6烷基、苯基、卤素和芳烷基的取代基取代,并且 Re选自电子对、氢、C1-C6烷基和芳烷基; 各L独立地选自–P(O)2OH–、–P(O)2R1–、–P(O)2(N(CH3)3-N(CH3)CH2C(O)NH2、哌嗪基、羰基、H(O(CH2)sO)w–、–(OCH2CH2O)w和-[(C(O)CHR'NH)m]R”; n是0-3的整数; 各R1独立地选自-N(CH3)2、-NR5R6、-OR7, 式(II)的部分: 其中: R8选自氢、甲基、-C(=NH)NH2、-Z-T2-NHC(=NH)NH2和-[(C(O)CHR'NH)m]R”,其中Z是羰基或直接键,并且 R9选自电子对、氢、C1-C6烷基和芳烷基; 各R10独立地选自氢或甲基;和 式(III)的部分: 其中: q是0-2的整数; R11选自氢、C1-C6烷基、芳烷基和-C(=NH)NH2, R12选自氢、芳烷基和C1-C6烷基,或者 R11和R12与其附连的氮原子一起形成5-7元环,其中所述环任选地被选自C1-C6烷基、苯基、卤素和芳烷基的取代基取代;并且 R13选自电子对、氢、C1-C6烷基和芳烷基; R2选自OH、寡聚体、-(CH2)mC(O)NRfRg,其中Rf和Rg独立地选自H、酰基、C1-C6烷基、和-[(C(O)CHR'NH)m]R”、-[(C(O)CHR'NH)m]R”、H(O(CH2)sO)w–、H(OCH2CH2O)w–、三苯甲基、-C(=O)ORf和酰基,其中w是3-20的整数,其中Rf是C1-C30烷基,其包含一个或多个氧或羟基部分或其组合,或R2不存在; R3选自氢、C1-C6烷基、寡聚体、-[(C(O)CHR'NH)m]R”、-C(=NH)NH2、三苯甲基、-C(=O)ORg、酰基、-C(O)(CH2)mC(O)和T4-(4-(4,6-(NR2)-1,3,5-三嗪-2-基)哌嗪-1-基,其中 Rg是包含一个或多个氧或羟基部分或其组合的C1-C30烷基, T4选自–C(O)(CH2)6C(O)–或–C(O)(CH2)2S2(CH2)2C(O)–,并且 R是–(CH2)OC(O)NH(CH2)6NHC(NH)NH2; R4选自电子对、氢、C1-C6烷基和酰基,并且 各R5独立地选自氢或甲基; 各R6和各R7独立地选自氢或–T3-NRcRdRe;并且 各T1、T2、和T3独立地是长度至多为18个原子的任选接头,包括烷基、烷氧基或烷氨基,或其组合, 其中,所述靶向序列与人酸性α-葡糖苷酶(GAA)基因的前体mRNA的内含子1(SEQ IDNO:1)、内含子2(SEQ ID NO:2)或外显子2(SEQ ID NO:3)内的区互补。 21.如权利要求20所述的方法,其特征在于,各R1是-N(CH3)2。 22.如权利要求21所述的方法,其特征在于,所述靶向序列选自SEQ ID NO:4-120,其中X选自尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)。 23.如权利要求20所述的方法,其中: n是2; R2和L一起是下式: 以及 每次出现的Y是O。 24.一种反义寡聚体,其包含具有足够的长度和互补性以特异性杂交人酸性α-葡糖苷酶(GAA)基因的前体mRNA的内含子1(SEQ ID NO:1)、外显子2(SEQ ID NO:2)或内含子2(SEQID NO:3)内的区的靶向序列。 25.如权利要求24所述的反义寡聚体,其特征在于,所述靶向序列包含选自SEQ ID NO:4-120的靶向序列的至少10个连续核苷酸,其中X选自尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)。 26.如权利要求24所述的反义寡聚体,其特征在于,所述靶向序列与选自SEQ ID NO:4-120的靶向序列有80%序列相同性,其中X选自尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)。
法律状态: 公开,公开