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主要研究内容：该项目通过研究诱导性多能干细胞移植对兔肾缺血再灌注损伤的保护作用，为临床治疗提供一定的实验依据和思路。诱导性多能干细胞再生肾脏功能的研究为急性肾小管坏死的治疗提供了新的思路，诱导性多能干细胞是用我们实验室自制的鸡卵清提取液诱导兔外周血的PBMC，使之逆向分化，生成诱导性多能干细胞。科学发现点：经过鸡卵清提取液诱导后，通过定量PCR检测到诱导后的PBMC多能基因OCT4、NANOG、SOX2相对表达量明显升高，体细胞基因LMNA相对表达量明显降低，说明PBMC向多能的干细胞分化了。该研究首次利用自制的鸡卵清提取液（无需基因修饰）成功诱导兔PBMC重编程为多能干细胞，其OCT4/NANOG表达水平明显升高。且避免了基因整合风险，为临床转化提供更安全的选择。科学价值：以前的研究表明，具有多向分化潜能的间充质干细胞可分化为肾小管上皮细胞，有效促进损伤肾脏功能的修复，在这个研究中，课题组观察诱导的PBMC是否具有间充质干细胞的功能，促进兔肾缺血再灌注损伤肾的功能恢复。在这个研究中，兔PBMC经鸡卵清提取液诱导后多能基因表达明显升高，多能蛋白表达也明显升高，表明细胞向多能干细胞转化。将诱导后PBMC和未诱导的PBMC回输治疗肾缺血再灌注损伤兔，治疗后诱导组尿素氮、肌酐明显降低，降至正常范围。模型组的肾出现了不同程度的病变，诱导细胞治疗组肾结构明显恢复正常，未诱导细胞治疗组肾结构没有明显变化。说明诱导后细胞向多能的干细胞分化，有治疗肾损伤的作用。同行引用及评价：该项目相关论文20篇，其中SCI论文14篇，国内核心期刊论文6篇，发明专利2个，20篇论文总引用次数74，单篇最高引用17次。审稿专家曾在审稿意见中评论：“Theresultscouldbeinterestingandimpactthecurrentlyusedmethodsinthefield.”完成人阮光萍的学术成果集截图显示在医学领域内的论文数在云南省排名前1%。项目组成员3人获得职称晋升，1人晋升博导，培养博士2人，硕士13人。

鸡的养殖关系到畜牧业“增白减红”的结构改变，具有缓解畜地矛盾、改善人的健康状况和低碳节能的重大意义。2021年中国肉鸡出栏量117.6亿只，其中黄羽肉鸡出栏40.4亿只。黄羽肉鸡包括中国的地方鸡品种及其培育品种，品种资源丰富，各具特色，形成了中国特有的消费结构。丰富的多样性是地方鸡的突出特点和开发利用的基础，但在资源的评价和利用上还存在两大突出问题。一是地方鸡资源评价不系统、不完整。江西地方鸡种类众多，特色明显，有羽色、冠型及皮肤颜色等不同的外貌特征，也有早熟、抗逆以及药用等多个优势性状，但在鸡品种的系统进化、遗传关系及遗传多样性等资源评价和保护方面没有系统和完整的分析整理，以至于对品种精准地开发利用造成很大影响。二是品种开发利用滞后。江西地方鸡品种几乎是原种销售，未进行品系选育和配套利用，生产性能低，不能充分发挥地方鸡的优势，以至于经济效益差。专门化品系选育滞后，不能满足多元化的市场和消费需求，抗风险能力差。因此，迫切需要提高地方鸡遗传多样性的研究水平和完整性，从而为地方鸡遗传资源的保护以及开发利用提供科学依据和理论基础。在国家自然科学基金项目、国家863计划项目子课题以及江西省科技支撑计划重点项目等资助下，依托江西省家禽工程技术研究中心、江西省地方鸡种遗传改良重点实验室，联合多家农牧企业，以江西地方鸡资源评价和创新利用为目标，通过资源保护、分子标记辅助选育等技术，历时10年，研究建立了江西主要地方鸡多样性及系统进化研究技术、创建了江西地方鸡生产性能测定和资源保护相关技术、创制了地方鸡特色性状相关基因分子标记的检测技术以及集成创新了地方鸡品系选育和配套技术，实现了地方鸡的高效产业化利用，为江西地方鸡资源精准鉴定、品种改良和养殖水平提升提供了有力的技术支撑，并创造了显著的经济、生态和社会效益。 内容及创新点：(1)建立了江西主要地方鸡多样性及系统进化研究技术。利用60KSNP芯片研究了江西主要地方鸡的遗传多样性和系统起源进化，发现江西地方鸡品种存在5个支系(A、B、C、E和G)，其中E支系主要存在于乌骨鸡中，G支系只存在于红色原鸡和安义瓦灰鸡种中。这些发现为地方鸡品种进一步的开发利用提供了理论基础。(2)创建了江西地方鸡生产性能测定和资源保护相关技术。挖掘了1个地方鸡资源-修水黄羽乌鸡，收集整理了修水黄羽乌鸡遗传资源并进行提纯复壮；对9个江西地方鸡品种或群体的屠宰性能、产肉性能、早期生长速度和产蛋性能进行了测定，研究发现崇仁麻鸡的生长速度、产蛋量和肉质性能均较好，是培育优质肉鸡新品种或新品系的良好素材；地方鸡精子冷冻技术研究，提升了鸡冻精效率，为地方鸡资源保护提供一定的基础数据。(3)创制了地方鸡特色性状相关基因分子标记的检测技术。以宁都黄鸡、崇仁麻鸡、泰和乌鸡以及修水黄羽乌鸡等地方鸡资源为素材，筛选了与卷羽、羽速、生长等性状相关的分子标记7个，并利用分子标记进行辅助育种，显著提高了地方鸡选种的准确性，加快了育种进程。(4)集成创新了地方鸡品系选育和配套技术。利用常规育种技术，结合筛选的分子标记，培育了优质鸡新品系15个。其中培育的崇仁麻鸡B系、宁都黄鸡A系出栏体重提高5％～10％，崇仁麻鸡A系、宁都黄鸡B系比原种产蛋量提高10％以上。 成果情况：该项目成果从种鸡到商品鸡进行自上而下推广应用，结合当地的生产实际和市场需求，协同畜牧技术推广部门和专业合作社进行专业技术人员培训、现场技术指导和技术示范等，以地方鸡育种和生产基地为中心，分步示范。地方鸡的资源保护技术在多个原种场辐射，提高了地方鸡的保种效率，同时改进了地方鸡保种方法。通过品系的示范推广，提高了商品鸡的出栏体重和均匀度。该成果技术在江西赣州、吉安、南昌、抚州和九江等县(市、区)开展推广实施，推广种鸡400万套，商品鸡5.6亿只，产生经济效益12.5亿元，促进了江西省惠大实业有限公司和崇仁县国品麻鸡发展有限公司快速发展。项目实施10年来，不断总结推广模式和推广经验，在地方鸡资源保护和品系选育技术的集成示范与推广应用方面取得了显著成效。基于该成果，发布地方标准2项，获得授权发明专利3件(ZL201911313435.0等)；发表文章18篇(SCI期刊论文2篇)；登记软件著作权2项。

一.课题来源与背景：该课题由国家自然基金委支持。 夏季高温是制约畜禽生产的一个重要因素。与其它家养动物相比，肉鸡等家禽皮肤无汗腺，且体表有羽毛紧密覆盖，体温调节机能不完善，高密度饲养的肉鸡常常因为受到高温热应激而猝死，给家禽业带来了巨大的经济损失。热应激诱导心肌细胞凋亡造成心肌损伤是畜禽热应激猝死的主要原因之一。心肌细胞为终末分化细胞，增殖能力非常有限。因此，抑制心肌细胞凋亡在维持心脏正常结构和功能方面具有重要意义。 二.研究的目的与意义：锰是动物必需的微量元素之一，是MnSOD活性基团重要的组成部分。故该项目在细胞水平水上，以肉鸡心肌细胞为实验材料，探讨锰对心肌细胞凋亡的影响，并结合蛋白质组学和生物信息学寻找锰调控细胞凋亡的关键蛋白和敏感指标，构建调控网络，阐明锰调控心肌细胞凋亡的信号通路、上下游信号分子以及中间环节各个信号分子之间的相互作用，深入探讨锰在上述过程中的调控和保护机制，获得调控通路中的关键基因和生物活性蛋白，这对通过营养调控的方式减少热应激对肉鸡生产的不良影响，促进肉鸡业的健康发展具有重要的理论和实践意义。 三.主要论点与论据：1)通过原代鸡胚心肌细胞的分离培养，建立热应激诱导心肌细胞凋亡的体外模型；2)研究Mn在热应激诱导的细胞凋亡中的调控作用并探讨其潜在的作用机制；3)蛋白质组测序技术和生物信息学分析对热应激处理和Mn处理的原代心肌细胞中的蛋白质进行差异表达分析和功能富集分析，筛选出Mn参与调控心肌细胞凋亡的关键蛋白。 研究的主要结果如下：①成功构建了热应激诱导原代心肌细胞凋亡的时间模型。热应激诱导的心肌细胞凋亡涉及死亡受体途径、线粒体途径和内质网途径。 ②Mn能恢复热应激引起的细胞活力下降，并降低Caspase-3活性，减少热应激诱导的细胞凋亡，但有机态锰和无机态锰在降低细胞凋亡方面无显著差异。在热应激状态下Mn通过调节线粒体动力平衡发挥抗凋亡作用。 ③利用DIA蛋白质组测序技术，在CONvsHS中鉴定到差异表达蛋白(DEPs)437个，HSvsHS+MnCl₂中鉴定到DEPs93个，HSvsHS+Mn-AA中鉴定到DEPs121个，HS+Mn-AAvsHS+MnCl₂中鉴定到DEPs53个。GO和KEGG功能分析显示，DEPs主要参与细胞成分或组织的代谢、生物调控、刺激反应、定位、发育、细胞信号、免疫系统等生物过程。根据生物信息学分析，筛选出Mn调控热应激心肌细胞凋亡的关键DEPs5个，分别是BAG3、AIFM1、RPA3、DNAJB1和GLTSCR2，Mn通过这些关键基因调控DNA复制、DNA修复和内质网的蛋白质合成，最终影响细胞对热刺激的反应和细胞凋亡。 四.创建与创新：研究锰对热应激心肌细胞凋亡的影响及其调控机制对丰富和完善锰抗热应激的营养理论体系具有重要的科学意义。该项目采用了高通量、非标记的SWATH定量技术，从蛋白水平研究探讨了锰对肉鸡心肌细胞凋亡的调控通路，在迄今所查阅到的国内外现有文献中均未见报道，且该项目所采用的技术手段和方法新颖且有效，研究内容系统深入，是该项目的特色和创新之处。 五.人才培养情况：以项目为载体培养了动物营养学博士研究生1名。 六.历年获奖情况：无。

2023年WHO统计显示，全球每年约1.15亿人因沙门菌感染患病，其中37万人死亡，中国感染患病人数约9000万，其中30%与蛋品相关。中国年鸡蛋消费量超4000亿枚，溏心蛋等加工品深受消费者喜爱，然而，原料鸡蛋沙门菌感染路径复杂，生产端防控检测能力薄弱，导致带菌鲜蛋和加工蛋品流入市场，给国民健康带来隐患，同时制约了蛋品产业的发展。为此，农业农村部提出了细菌病净化的国家战略。“可生食鸡蛋”，即无致病性沙门菌的高品质鲜蛋，实现其工业标准化生产是中国蛋品产业升级与高质量发展的里程碑，以“可生食鸡蛋”为原料的加工制品满足了国民对高品质、健康生活的需求。经十余年攻关，项目组攻克“沙门菌管控-监测-预警-阻断-检测处置标准、沙门菌特异性快检方法及便携式检测设备研发、常温溏心蛋高效生产技术研发”的难题，形成鸡蛋可生食化安全生产及高效利用的关键技术体系。主要创新如下： 1.提出沙门菌全产业链的管控-监测-预警-阻断-检测处置标准，建立8大关键点+24个环节的沙门菌控制体系。构建基于沙门菌垂直传播、外源水平传播和肠道感染路径的隐患因子识别数据库，开发科学配比饲料增强母鸡体质强化肠道屏障；首创基于光电卷积神经网络模型的补光和环境净化控制系统，建立蛋鸡沙门菌净化高效养殖体系，从源头保障鸡蛋达到可生食的质量标准。 2.研制CRISPR/Cas12a介导的光电驱动耐药性沙门菌特异性检测技术并创制便携式电化学快检设备，较国外快检技术节约用时25%以上。发明基于国标法改良的沙门菌监测方法，检测效率提升6倍，由5-7天检测300枚提升至2-3天检测1000枚，有效提高沙门菌污染风险识别率；阐明超声增强二氧化氯杀菌效果的分子机理和代谢路径，形成超声辅助洁蛋生产线和基于二氧化氯缓释技术的全冷链储运装备体系，建立圈舍到餐桌的可生食鸡蛋安全保障体系。 3.建立溏心蛋工艺与品质的联调联控生产体系，创制高效化溏心蛋生产装备，实现常温贮藏30天以上，成品率达85.6%，生产效率提升35.2%。解析基于物理-化学耦合修饰的蛋液凝胶特性调控机理，构建蛋制品加工特性提升技术体系，持水性较鲜蛋提高53.3%；探明蛋白质在聚合物/水相体系的分级沉降和离子交换规律，创建了活性蛋白的耦合联产提取技术，实现了禽蛋资源的挖掘和高值化利用。 获国家授权专利64件(发明专利16件)，发表论文34篇(SCI收录17篇)，制订国内首个《可生食鸡蛋》团体标准。建成高标准养殖基地5个，分级中心3个，蛋制品厂2个，技术应用推广规模超1000万羽。打造“黄天鹅”可生食鸡蛋蝉联天猫、京东鲜蛋类销售榜第一，可生食鸡蛋品类销量和渗透率为79.6%和78.2%，均为全国第一。近三年新增销售额59.60亿元，新增利润5.80亿元。助农增收实效显著，惠及约18500人，农村居民年人均可支配收入提高至1.7万元。在保证质量稳定性、防范食品安全风险等方面优势明显，显著推动中国蛋品行业安全生产方式的现代化转型升级。

由于鸡呼吸道疾病现场诊断技术缺乏、地方性流行趋势复杂多变、防控措施针对性差等问题致使中国西南地区鸡呼吸道疾病频发，造成严重经济损失。为此，四川省畜牧科学研究院、四川农业大学和河南农业大学经8年联合攻关，从鸡呼吸道病原快速高敏现场检测新技术创制、流行趋势及遗传变异规律解析、天然免疫应答新机制揭示、防控新技术研发等方面入手，构建西南地区鸡主要呼吸道疫病防控新体系，为推动产业健康发展、保障食品安全提供技术支撑，应用前景广阔。 1、创建鸡主要呼吸道疫病精准、快速、现场可视化检测新技术5项。利用重组酶聚合酶扩增(RPA)和侧向流试纸条(LFD)技术，首创恒温下传染性喉气管炎病毒(ILTV)RPA-LFD单检，及传染性支气管炎病毒(IBV)、H9N2亚型禽流感病毒(H9N2 AIV)和新城疫病毒RPA-LFD同检技术，灵敏度较PCR/RT-PCR高10～100倍。首创基于gJ蛋白单克隆抗体的ILTV胶体金试纸条(与qPCR符合率达99.6%)及精准定量ELISA检测方法(定量范围15.63～1000ng/mL)等。实现疫病现场精准、可视化快检。 2、解析西南地区鸡主要呼吸道疫病遗传变异规律，阐明其流行趋势。明确近三年西南地区H9N2 AIV优势基因型为h9.4.2.5型，以较高平均速度(8.036×10^-3位点/年)分化成3个亚群；证实西南地区IBV优势基因型为GI-19(QX)型，存在5个单基因型和重组变异株共流行；首次在该省分离到GI-7和GVI-1型IBV新型毒株。为制定针对性强的防控措施提供科学依据。 3、揭示西南地区鸡主要呼吸道疫病天然免疫应答新机制。构建拯救效率高的H9N2 AIV反向遗传操作系统，挖掘出h9.4.2.5型新关键抗原漂移位点A168N和D201G；基于噬菌体展示技术，鉴定出IBV S1蛋白B细胞新中和表位412-IQTRTEP-418、87-PPQGMAW-93；证实QX型IBV强毒株较其它基因型毒株具有更强抗天然免疫能力。丰富了禽呼吸道主要疫病的免疫应答机制。 4、构建了疫苗效果可视化评估新方法，筛选出对西南地区流行株高保护率疫苗。创建“IBV+大肠杆菌”共感染模型，以大肠杆菌感染典型病变为主要评价指标，实现IBV疫苗对临床分离株保护效果简便、可视化评估；筛选出SD696株H9N2 AIV灭活疫苗，LDT3-A、4/91株IBV疫苗对H9N2和IBV流行株具有高保护效力，对QX型IBV保护率达100%的弱毒疫苗候选株；创新研制具有免疫增强效果的免疫增强剂。为精准防控提供有力支撑。 项目执行期间，授权专利4件(发明专利3件)，发表论文42篇(SCI 19篇)，获新兽药注册受理1件。该技术在该省18个市(州)推广应用，多提供肉鸡2164.94万只、鸡蛋5.40万吨，新增产值8.04亿元，经济、社会和生态效益显著。

1.课题来源与背景： (1)课题来源。“小球藻”在蛋鸡养殖中的应用与示范项目是甘肃省科技厅2022年立项下达的科技型中小企业创新基金项目(项目编号：22CX3GJ004)，由甘肃德福生物科技有限公司承担实施，定西市安定区畜牧技术推广站、定西市益嘉会养殖农民专业合作社参与实施，实施年限为2022年10月-2024年9月。项目团队共有9人组成，主要负责人由甘肃德福生物科技有限公司研发总监李志勇同志担任。项目计划总投资90万元，其中省级科技专项经费10万元、企业自筹80万元。 (2)课题背景。鸡蛋作为人们餐桌上不可或缺的美食之一，因具有营养价值很高、易为机体吸收、价格低廉等特点，深受广大消费者的喜爱。随着城镇化脚步的加快、人们生活水平的提高以及消费观念的转变，鸡蛋的消费量逐年上升，但是由于食品安全事件的频发，人们对鸡蛋不仅仅满足于“量”的需求，而是更加注重鸡蛋的“品质”，因此提高蛋鸡的生产性能，规范蛋鸡养殖技术，提高疫病防控能力，生产优质的鸡蛋产品是当前蛋鸡产业发展的关键所在，也是未来发展的必然趋势，具有广阔的市场前景。小球藻作为一种单细胞藻类，含有丰富类胡萝卜素、维生素、矿物质、食物纤维、核酸、叶绿素、藻多糖复合物等多种天然营养物质独有的促生长因子，有“肠道清道夫”之称，能够维护动物肠道菌群平衡、降解和清除体内毒素、提高身体机能和免疫能力。经过小球藻饲喂的蛋鸡所产的小球藻鸡蛋，营养指标全面提升，能够达到国家绿色食品标准，做到“三无四高”，即：无抗生素、无药残、无重金属污染、高蛋白质、高维生素、高DHA、高叶黄素。同时，通过基地示范引领，带动项目推广，促进生态养殖，加快可持续发展步伐，为更多消费者提供安全放心的鸡蛋产品。 2.技术原理及取得的成果： (1)技术原理。项目以海兰褐蛋鸡为研究对象，通过开展小球藻悬浮液对蛋鸡产蛋性能及经济效益影响试验研究，制定“小球藻”饲养蛋鸡技术规程，进一步规范蛋鸡的养殖技术，提高蛋鸡的生产性能，饲料的利用率，蛋鸡养殖的经济效益。通过项目的实施和推广，促进蛋鸡养殖的绿色、安全和健康可持续发展。 (2)取得的成果。授权实用新型专利1项。专利名称：一种鸡粪便异味处理装置，专利证号：ZL 2023 2 2424606.5；发表省级论文1篇。在省级期刊发表“小球藻悬浮液对蛋鸡生产性能的影响”论文1篇；制定技术规程。制定了“小球藻”饲养蛋鸡技术规程1项。 3.技术的创造性与先进性：该技术成熟度较高，在国内也具有先进性，经推广应用后，经济、社会及生态效益非常显著。 4.技术的成熟度：甘肃德福生物科技有限公司小球藻蛋鸡养殖技术，已取得“一种养殖场专用微藻光生物养殖系统”“一种畜禽圈舍空气净化装置”2项实用新型专利和“含木质纤维素活性的小球藻农畜饲料添加剂及其制备方法”“一种宠物饲料添加剂及其生产方法”2项发明专利。同时，公司拥有一支实力较强的团队主要开展技术研发、产品推广、市场管理等工作，因此该技术成熟度较高。 5.应用情况及存在的问题： (1)应用情况。在定西市益嘉会养殖农民专业合作社建设年产1000吨的小球藻悬浮液生产线1条，建立存栏10万只“小球藻”蛋鸡养殖基地1处，年生产小球藻鲜蛋1522吨，产品主要销售至青海、上海、北京等各地，总销售收入达1866.74万元，总利润达163.42万元。 (2)存在的问题。虽然小球藻鲜蛋营养价值高，不含抗生素、药残以及重金属残留，深受消费者的欢迎，但是由于该技术的推广需具备一定的场地、专业技术人员，且前期投资较大，因此市场推广有一定难度。

地方遗传资源是打赢种业翻身仗的基础。项目针对平武红鸡这一在秦巴山脉独特自然和人文环境下驯化而成的珍稀资源所面临的濒临灭绝、配套养殖技术落后等突出技术难题，历经11年攻关突破，创新开展抢救性保护并通过国家新资源鉴定，建立了融资源发掘、精准鉴定、高效保护、创新利用和健康养殖为一体的平武红鸡保育繁生产技术体系，解决了制约平武红鸡产业发展的关键技术难题，取得多项创新成果。 (一)主要技术创新和技术经济指标： 1.发掘平武红鸡国家畜禽遗传资源1个。系统解析了平武红鸡资源的生物学特征和遗传特性，筛选出87个品种特异性SNP位点，构建了平武红鸡表型数据库，建立并应用体貌与分子检测相结合的鸡种质资源精准鉴定方法，组建了特征明显、整齐度高的平武红鸡低近交核心保种群。 2.创新开展平武红鸡高繁专门化母系选育，集成平武红鸡良繁制种关键技术。运用小规模群体饲养与测定相结合的方法育成高繁专门化母系，与原始群体相比，开产日龄从160天提前至155天，66周产蛋量由100枚提升至152枚，增长52%，群居适应性有效提高；集成种鸡良种繁育技术，创新基于图像识别的雏鸡性别鉴定技术，应用后产蛋量提高15.7%，受精率提高5.6%，受精蛋孵化率提高8.2%，健雏数增加7.8%，鸡白痢阳性率降低到1%以下，制种成本降低20.3%。 3.创建平武红鸡高效健康养殖技术体系。研发集成平武红鸡林下规范养殖和规模化养殖技术，应用后商品鸡公母鸡43周龄平均出栏体重提升至2914.96g和1960.85g，增长15.17%和6.2%；全期死淘率降低9.8%，用药成本降低6.5%，综合生产效益提高7.23%，全面提升了平武红鸡适度规模标准化生产水平。 (二)授权专利和主要知识产权： 获授权专利15件(其中发明专利4件)，发表论文35篇，制定地方标准2项，编制技术手册3套。 (三)应用推广与效益： 近三年推广种鸡6.16万套，商品鸡682.80万只，新增产值121792.48万元、新增纯收益56984.51万元，经济、社会和生态效益显著。

四川是畜牧大省，生猪和肉鸡出栏量、猪鸡肉产量、鸡蛋产量长期位居全国前列，总产值达到2261亿元，占该省畜牧业、农业总产值比重分别达70%和20%。当前商业化瘦肉型猪、肉鸡的生长速度和鸡蛋产蛋量已接近传统育种的极限，然而，品质却急剧下降，实现产量和品质的协同改良，是社会关注和亟待解决的产业问题。猪和鸡是重要畜禽物种，都通过与人类的共生途径驯化而来，以猪鸡肉、鸡蛋产量和品质为核心指标的产肉和产蛋性状受微效多基因调控，是典型复杂数量性状，其分子机制不清晰是制约猪鸡肉、鸡蛋生产提质增效降本的瓶颈科学问题。项目组自2010年起，在国家自然科学基金、四川省科技计划等20余项项目支持下，围绕猪鸡产肉产蛋性状关键基因鉴定及调控网络解析这一科学问题开展系统深入研究，在产肉产蛋性状关键基因组变异发掘和分子调控网络精准解析等方面取得系列创新突破性成果。 主要科学发现如下： (1)率先完成大规模猪鸡遗传资源基因种质特性评估，首创基于长序列比对的猪单碱基分辨率基因组结构变异图谱绘制方法。创新性地将ABBA/BABA算法应用于猪、鸡不同品种的群体遗传结构和基因渗透程度评估，揭示了世界主要代表性猪鸡品种优异性状决定的重要基因(猪：939个基因；鸡：1520个基因)及其关键变异。 (2)详细绘制了猪鸡产肉产蛋性状关键基因的全景多维转录图谱，涵盖多品种、不同发育阶段、不同转录本类型。精准解析了微效多基因决定产肉产蛋性状的分子调控网络，包括影响猪骨骼肌生长(315个基因)、肌纤维面积(248个基因)、肌内脂肪沉积(101个基因)的调控网络3个；影响鸡产蛋性状的分子调控网络1个(181个基因)，并首次将核心分子调控网络精准定位到卵泡颗粒细胞，明晰其与产蛋性状的关联。 (3)深入解析了关键基因的三维基因组空间构象特征，揭示了猪脂肪沉积、鸡卵泡发生过程中染色质空间构象动态与基因转录表达变化的规律，明确了受染色质区室重排影响的基因165个，受拓扑结构关联域重构影响的基因248个，受启动子-增强子互作动态变化影响的基因407个，并从非编码区调控元件远距离调控的角度，全面阐明了关键基因影响产肉产蛋性能的分子机制。 项目组发表SCI论文39篇。代表作发表于Nature Communications、BMC Biology、GigaScience等高水平期刊，被世界著名科研机构和同行专家高度关注和正面引用。5篇代表作他引187次，单篇最高他引83次。该成果为中国畜牧学基础研究和种业创新提供了坚实基础理论和创新方法，并应用于高产优质种猪、种鸡的分子选育，累计实现销售收入约11亿元。 通过该项目，项目组入选四川省青年科技创新团队(2个)，支撑学科获批“猪禽种业全国重点实验室”等国家和省部级重点实验室(中心)7个。项目组成员入选教育部青年长江学者、省杰出青年科技人才等国家级和省部级人才7人次，入选国家农业产业技术体系岗位专家(1人)、国家农业产业技术体系四川省生猪创新团队岗位专家(3人)、霍英东青年教师基金获得者(1人)。项目为畜禽产业培养博士后、博士和硕士110余名。

在当今追求绿色、可持续发展的时代背景下，提出了一项创新的农业科技生态环境循环产业链项目，旨在通过植物乳酸菌、乳酸菌富硒无抗鸡蛋和黑水虻、生物活性有机肥的协同作用，实现农业生产的高效、环保与可持续发展。 陕西杰鹏安农业生物科技有限公司的“植物乳酸菌富硒鸡蛋、黑水虻及有机肥农业生态循环产业链的应用”是通过提取当地富硒植物(艾蒿、桑叶、蜂蜜、麦芽、野菊花等)的精华与富硒水，结合现代生物技术，研发出具有自主知识产权的富硒植物乳酸菌；再用乳酸菌喂鸡及代替农药喷洒防疫，生产出低胆固醇、高蛋白，无铅、无抗、无添加、无农残、无沙门氏菌可生食的乳酸菌富硒鸡蛋；再用鸡粪孵化蛋白虫喂鸡；用自产乳酸菌及鸡粪加入植物枯叶、生活垃圾等生产出生物活性有机肥；再用有机肥浇灌庄稼喂鸡。形成一套完整的创新型农业生态科技循环产业链。 (一)、项目背景： 随着人们对食品安全和环境保护的关注度不断提高，传统农业生产方式面临着诸多挑战。化学肥料和农药的过度使用不仅导致土壤质量下降、环境污染，还影响了农产品的品质和安全。因此，开发绿色、环保、高效的农业生产技术和模式成为当务之急。 (二)、项目内容： 1.植物乳酸菌的应用： (1)利用当地的富硒资源结合先进的生物技术，筛选和培育优质的植物乳酸菌菌株； (2)将植物乳酸菌应用于饲料发酵，提高饲料的营养价值和消化吸收率； (3)通过植物乳酸菌对土壤的改良，增加土壤中的有益微生物群落，改善土壤结构，提高土壤肥力。 2.乳酸菌富硒鸡蛋的生产： (1)为蛋鸡提供富含植物乳酸菌和硒元素的饲料；(2)科学管理养殖环境，确保蛋鸡的健康生长；(3)生产出的乳酸菌富硒鸡蛋具有高蛋白、低胆固醇、富含硒等营养成分，口感鲜美，深受消费者喜爱。 3.生黑水虻蛋白虫的饲养应用： 使用该公司研发生产的植物乳酸菌混合饲料喂养蛋鸡，改善鸡的消化功能，增强鸡蛋的“硒”元素及其他微量元素含量，再通过养鸡场粪便饲养黑水虻，而黑水虻蛋白虫蛹(虫卵)可以再用来喂养蛋鸡，形成了一种绿色循环生态养殖模式。经过检测，吃虫蛹的蛋鸡产蛋量有所提高，鸡蛋品质也有所提升，鸡蛋口感嫩滑无腥味。是大力推广发展绿色生态农业和农业循环经济的新模式。 4.生物活性有机肥的制备： (1)收集蛋鸡养殖过程中产生的粪便和废弃物；(2)利用植物乳酸菌进行发酵处理，将其转化为生物活性有机肥；(3)这种有机肥富含氮、磷、钾等营养元素和有益微生物，能够为农作物提供全面的养分，同时改善土壤生态环境。 (三)项目优势： 产业链实现了资源的循环利用，减少了废弃物的排放降低了对环境的污染；生产出的乳酸菌富硒鸡蛋及使用生物活性有机肥种植的农作物，品质优良，安全健康，符合市场对高品质农产品的需求；通过提高农产品的附加值和产量，降低生产成本，为农民和企业带来可观的经济效益；项目涉及生物技术、生态农业等多个领域的创新应用，推动了农业科技创新及农业科技的进步的发展。

秦巴山区地形多山，林地及农副资源丰富，特别适宜优质鸡产业发展。尽管广元灰鸡等秦巴山区优质地方鸡在遗传资源保护上有所突破，但在遗传改良、养殖模式优化、产品精深加工及废弃物资源化利用等方面仍存明显短板，限制了秦巴山区优质鸡产业进一步高质量可持续发展。为此，该项目多年来持续围绕秦巴山区优质地方鸡全产业链的种业前端、养殖中端、加工处理后端等关键技术开展系统研究与示范，并取得了多项创新成果，为该省秦巴山区优质地方鸡全产业链高质量发展提供了重要科技支撑。 1.探明了秦巴山区优质地方鸡产业链前端重要经济性状遗传背景，为秦巴山区优质地方鸡进一步遗传改良和杂交育种奠定了理论基础。广元灰鸡、旧院黑鸡等群体Mx1基因编码区多态性分析表明高人工选择导致鸡Mx1基因编码区单倍型多样性降低，MyD88基因3'-UTR区SNP4被证实可能与鸡白痢抗性相关，完成了肉质性质相关基因(FABP5、PPARG、gga-let-7a-3p)和繁殖性状相关基因(miR-302c-3p、LATS2)功能探究，探明了家鸡杂交群体等位基因传递不平衡及等位基因差异表达规律，并明确了家鸡杂交后代的主效基因表达模式是加性效应。 2.构建了秦巴山区优质地方鸡产业链中端生态高效养殖技术体系，促进了秦巴山区优质鸡养殖业向现代化、智能化转型。首创用于秦巴山区中小规模养殖的优质地方鸡的立体发酵床种鸡养殖技术，优化了平面发酵床商品代育成技术，创新研发了配套的饲养管理设施设备，降低了人力资源投入，推动了优质鸡产业的生态可持续发展；开发了畜禽遗传育种、动物物联网养殖和生态养殖信息化等数智化管理系统，提升了优质鸡种群和商品代育种及饲养管理效率。 3.研发了秦巴山区优质地方鸡产业链后端产品精深加工和废弃物资源化利用技术，提高了秦巴山区优质地方鸡产品附加值，缓解了中、大规模养殖废弃物处理压力。创新研发了用于秦巴山区优质地方鸡屠宰加工、分割定型、消毒、包装等产品的精深加工专利设备，提高了优质鸡产品的加工效率和产品质量；研发了腊肉加工处理装置并应用推出了秦巴山区特色风干熟食制品等新产品，满足了优质鸡产品的市场多样化需求；优化了集微生物发酵、辅料补充和成品包装等工艺为一体的养殖废弃物有机肥生产体系，促进了资源循环利用，增加了企业综合经济效益。 项目成果授权专利15件，其中发明专利4件；授权计算机软件著作权3件；制定四川省地方标准1项；发表期刊论文15篇，形成学位论文5篇。该成果技术在四川及周边省市得到大面积推广，2018年至2023年，累计出栏优质鸡成鸡388.9万羽和脱温鸡苗104万羽，实现总产值40663万元，新增经济效益2523.03万元。通过项目相关成果技术的不断应用和辐射推广，在地方农业科技扶贫和产业乡村振兴上发挥了巨大作用，相关工作先后被央视及教育部官网采访报道。项目经济、社会、生态效益显著。